Son muchos los testigos que nos hablan de que la zona y termino que hoy conocemos como Elvillar y su jurisdicción estuvo habitada desde el periodo que conocemos como prehistoria reciente. Este periodo comprende el Neolítico, Calcolítico, Edad de Bronce y Edad de Hierro. En este periodo las gentes dejaron de ser nómadas para asentarse definitivamente en un lugar. En el término de Elvillar y siguiendo los publicados en la Carta Arqueológica de Alava se recuperaron diversos artefactos en muchos de los términos que componen su jurisdicción. Los testigos más significativos serían, el dolmen de la Txabola de La Hetxizera, Dolmen de El Encinal y los abrigos de los Husos.
Elvillar, cuyo nombre en la Edad Media era Villar, aparece perfectamente documentado desde mediados del siglo XIV. Es una población nacida en el medievo y, como otros topónimos relacionados con el nombre “Villar”, parece hacer referencia a explotaciones agrarias conciliadas con la ganadería.
Fue una de las aldeas que formaban parte de la Comunidad de Villa y Tierra de Laguardia y, como parte integrante de dicha comunidad, perteneció al reino de Navarra hasta que pasó a manos de Castilla en 1461.
La iglesia de Elvillar era también aneja a las de Laguardia hasta 1486, año en el que obtuvo bula pontificia de desmembración y separación.
En ese mismo año, 1486, Laguardia y sus aldeas se incorporaron a las hermandades de Álava.
Aunque Elvillar tenía una relativa entidad, dependía jurídica, política y administrativamente de la villa de Laguardia hasta 1667, año en el que consiguió la independencia definitiva.